最も大きな課題としては、本運用指針の「用語の定義」⑨に定める「著作権者の利益を不当に害することとなる場合」の「基本的な考え方」等が挙げられます。

また、その検討結果及び「必要と認められる限度」等の他の要件を踏まえた上で、無許諾・無償で利用できる例、無許諾・有償で利用できる例、許諾が必要な例について、利用の実態に則して分かりやすく整理された「学校等における典型的な利用例」が作成されることとなります。