著作権法第35条及び運用指針に従いオンライン授業をする場合でも、学校（教員）が授業で使うために購入した視聴覚資料を利用する場合、著作権者等の許諾が必要でしょうか

35条及び運用指針の範囲であれば可能です。その際、特に、その利用行為によって児童生徒1人１人が購入することを前提とした商品の市場に悪影響を与えないよう留意する必要があります。例えば、児童生徒用の音声CDが販売されている場合に、指導用音声CDの音源を児童生徒が自由に利用できるようアップロードすることは「著作権者の利益を不当に害する」場合に相当する可能性があります。このような場合を含め、あらかじめ購入時の契約に利用方法の可否が盛り込まれている場合もありますので、それぞれの利用規約をご確認ください。