この制度によって著作物は自由に使っていいのでしょうか

そうではありません。改正著作権法第35条第1項では、「その必要と認められる限度において」と規定されており、客観的に見て授業に必要な部分、部数等に限られますので、著作物の利用にあたっては注意が必要です。また、著作物の種類や用途などから見て「著作権者の利益を不当に害する」行為はこの制度の対象外ですので十分に留意してください（「著作隣接権者」についても同様です）。そのような利用は、許諾を得て利用してください。

「不当に害する」行為に該当するかどうかは、学校等の教育機関で複製（コピー）や公衆送信が行われることによって、現実に市販物の売れ行きが低下したり、将来における著作物の潜在的販路を阻害するか、という点から判断されます。例えば、運用指針では、児童・生徒の全員の購入を想定したドリルやワークブックなどの資料に掲載されている著作物を、それらが掲載されている資料の購入等の代替となる態様で複製や公衆送信することは、制度の対象外としています。

学校のウェブサイトやYouTubeなどで、誰でも見られるように公開することは、この制度の対象とはなりません。